主管贸易的政府部门为外贸部及经济、工业和商业部。此外，隶属外贸部的外贸协会（PROCOMER）负责贸易促进事务，业务涵盖调研和信息、加强出口能力、出口促进、贸易便利和投资便利五大领域。
二、贸易法规体系
贸易法规很多，主要法规是《贸易法》（第3284号法律）。该法于1964年5月27日生效，分别对公司形式和管理；义务及合同；证券、汇票、背书、审计、支票、信用证；公司破产及债权；时效期等方面做了规定。
哥斯达黎加在进口方面还有以下规定：
（1）海关手续。哥斯达黎加是世界海关组织成员国，其海关法律框架基于中美洲海关统一代码（CAUCA III），包括《海关总法》（1995年10月20日第7557号法律）和海关总法修正条例（分别包含在2003年8月18日第8373号法律和2005年9月21日第8458号法律中）。
（2）海关估值。根据2000年9月5日第8013号法律，哥斯达黎加实行WTO[微博]海关估值协议（CVA），并在2004年10月7日颁布的第32082-COMEX-H执行条例中加入了中美洲海关货物估值法规的部分内容。
（3）原产地规则。哥斯达黎加作为中美洲共同体成员适用原产地优惠政策，并对加拿大、智利、多米尼加、墨西哥、巴拿马等国产品在贸易协定范围内适用原产地优惠政策。
（4）关税。哥斯达黎加关税由两部分组成：一是进口税，其政策框架是中美洲关税体系，采用HS分类代码，2007年1月1日起采用新版HS修正案；二是根据第6946号法律实行的1%的附加税。
（5）进口许可、限制及禁止。2001年哥斯达黎加依据第7473号法律取消了进口许可。2003年实施《进口关税配额分配总法》，2005年2月8日进行了修订。
（6）反倾销、反补贴、贸易防护。相关的法律框架基于WTO规定及24868-MEIC法令。2002年8月12日第30637-MEIC法令规定了不公平贸易及防护措施办公室的职能。
（7）技术标准。2002年5月21日哥斯达黎加实施质量体系法（第8279号法律）。
（8）检验检疫。《植物检疫法》（第7664号法律）；《动物安全保护法》（第8495号法律）于2006年6月16日实施。
在出口方面主要有以下规定：
（1）最低出口价。2005年12月12日通过第32837-MAG-MEIC-COMEX法律对香蕉实行最低出口价。第2762号法律对咖啡出口实行税收优惠价。1996年2月5日第7575号法律（《森林法》）规定了未加工原木出口的最低价计算方式。
（2）出口禁止及限制。1996年2月13日，第7575号法律禁止出口特殊种类的原木和木材。
（3）出口税率优惠。1990年11月23日第7210号法律（《免税区体系法》）、2001年6月18日第29606-H-COMEX执行条令、1995年10月20日第7557号法律（《海关总法》）和1996年6月28日第25270-H执行条令。
（4）出口促进法。1972年12月22日第5162号法律。
（5）出口融资。1981年12月22日第244号法律包含了哥斯达黎加中央银行对于出口融资及出口前费用融资的相关规定。
（6）出口激励。1992年3月31日第7293号法律规定了相关出口免税政策。
三、贸易管理的相关规定
哥斯达黎加依据对WTO农产品(27.62, 1.01, 3.80%)协议和部分多边自贸协定承诺实行关税配额，主要针对鸡肉（美国、加拿大、巴拿马、多米尼加）、猪肉（美国、中国、巴拿马）、火腿腌肉（欧盟）、牛奶和奶制品（欧盟、美国、巴拿马、多米尼加）、预制肉类（欧盟）、大米、土豆、洋葱（美国）以及黑豆（中国）。具体信息和操作指南可参见哥外贸部网站：www.comex.go.cr/tramites_servicios/contingentes.aspx。
在进口方面，哥斯达黎加于2004年12月取消了所有的进口许可证及相关手续，仅在动植物检疫和环保等方面保留特殊要求。哥斯达黎加禁止进口武器、军火、废轮胎和血液。
在出口方面，哥斯达黎加依据“濒危野生动植物物种国际贸易大会”、“控制有害废弃物跨国转移及其处理巴塞尔大会”、“关于危害臭氧层物质的蒙特利尔条约”的规定，对涉及文化、艺术、考古和历史遗产的物品限制出口。
四、进出口商品检验检疫
哥农畜牧业部下辖全国植物保护所（SFE）和全国动物安全防护所（SENASA）。卫生部主管食品安全。
根据《植物检疫法》及第32994号执行条例规定，全国植物保护所（SFE）负责植物保护、植物及植物产品的进出口、颁发植物检疫证书、所有农用化学或生物产品的注册和审批。SFE还有权禁止进口有潜在危害的上述货品或制品，并对农用转基因产品的贸易和使用加以控制。
依据《动物安全保护法》规定，全国动物安全防护所（SENASA）负责动物安全、动物疾病防控和追溯、肉制品安全、动物饲料、兽药、转基因产品、有害物残留检验等，并有权禁止进口有潜在危害的上述货品或制品。
卫生检疫工作在边境、海关或其他由农畜牧业部指定的地点进行。植物性及动物性产品均须接受检验检疫。植物、植物制品、植物性副产品、动物、动物制品、动物性副产品在进口至哥斯达黎加时必须有由原产国相关机构签发的植物检疫或动物检疫证书。所有进口的转基因产品不仅要符合对进口产品的所有要求，还必须获得生物安全委员会的认证。
哥斯达黎加在所有的双边或地区性贸易协定中均加入了动植物检验检疫条款。这些条款以WTO关于动植物检验检疫协议为参考并加以扩充。
五、海关管理规章制度
哥斯达黎加根据中美洲关税体系（SAC）对进口商品进行分类。哥斯达黎加的关税分为进口税和附加税。附加税的征收依据是第6946号法律，税率为1%，适用于所有进口货物，只有少数例外（如：自贸协定涵盖的进口商品、WTO关于信息技术协议的商品、受惠于第6695号出口加工区法案的商品、医疗手术设备及药品等）。除需特殊许可才能进口的部分动植物产品、医疗产品和食品外，绝大部分商品进口关税为从价税，适用于CIF价。