整治行动主要针对以下5种情况：一是在自然保护区、地质公园、地质遗迹保护区和水源地设置的探矿权和采矿权；二是未取得勘查许可证、采矿许可证擅自进行勘查开采、越界开采的企业、单位及自然人和以采代探的探矿权人；三是未按批准的开发利用方案开采，造成矿产资源破坏或矿山地质环境破坏的矿山；四是未编制矿山地质环境治理方案、未按规定缴存和不足额缴存矿山地质环境治理保证金的矿山，不按照治理方案开展分期治理或者治理工程验收不合格的矿山；五是矿业权人不履行法定义务，不缴(交)或欠缴(交)矿业权使用费、价款和矿产资源补偿费等行为。
整治行动共分3个阶段，即旗县(市、区)自查处理阶段、盟市核查督导阶段和自治区督查总结阶段。为确保专项整治行动取得实效，内蒙古国土资源厅成立了矿产资源开发专项整治行动领导小组，印发了《内蒙古自治区矿产资源开发专项整治行动工作方案》，对整治范围、工作步骤、整治措施和工作要求作了具体规定。